新疆和硕县审计局在开展新型农村合作医疗基金审计中，重点对定点医疗机构进行审查，一是审查县级、乡级定点医疗机构新农合基金结算情况、药品招标采购、医疗收费等情况，通过抽查病历、走访农户，看是否存在过度治疗增加患者负担等问题。二是检查了农牧民医疗费用报销比例、范围及药品价格和医疗服务 ，分析新农合起付线、封顶线以及分段报销比例等的设置是否合理，收费是否符合规定，能否让农民得到更多实惠。三是检查新农合医疗相适应的内部管理制度建设和执行情况，查看是否依据有关规定审核资料并做到了及时结报，有无过度检查治疗、住院手续管理不严、虚开发票、挂床、编造病历等管理混乱现象。四是审查申请报销人员是否为参保对象，报销的手续是否齐全，审批程序是否完备，有无将没有参保的人员治疗药费顶替参保人员报销，套取医保基金等违规运作行为。